登録免許税の還付について
こんにちは。岡山市の司法書士の福島良太です。
今回は登録免許税の還付について説明をします。登記申請が却下、取下げの場合など、どのように対応をしていけばいいのかをわかりやすく解説します。
（令和７年１０月５日更新）
◎メモ◎ 登録免許税の納付
不動産登記や商業登記を行う際、法務局に登録免許税を納付する必要があります。この税金は、高額な不動産取引の場合、100万円を超えることもあります。
登録免許税の還付をするときは、登録免許税をどうように納付したのかで、手続きが変わる場合があります。登録免許税の納付方法は、①収入印紙で納付 ②電子納付（ネットバンキング）の二つの方法があります。
そして、登録免許税を還付する目的が、①登記申請の取下げ ②登記申請の却下 なのかによっても手続きが変わります。
手続きとして、「収入印紙で納付」をして、「登記申請の取下げ」のケースであれば、収入印紙の再使用証明を受けることができます。補正のために、取下げた場合は、すぐに再使用証明を使用して、登記申請をすることができます。
◎メモ◎ 収入印紙の再使用証明
収入印紙で付した場合、収入印紙に再使用証明を受けることで、同一管轄の法務局で1年間再使用することが可能です。この再使用証明の手続きは法務局の窓口で即日完了します。
登録免許税を電子納付（ネットバンキング）をしたケースでは、再使用証明を受けることができません。この場合は、管轄の税務署により還付を受けることになります。法務局で、還付手続きをしてから、お金が振り込まれるまで数か月かかります。【下記の実体験を参照】
◎メモ◎ 現金（振込）での還付を受ける手続き
現金で還付を受ける場合、代理人（司法書士）の銀行口座への振込を希望するなら、委任状が必要です。司法書士が登記申請を代理する場合、還付の代理権が登記申請の委任状に記載されていれば、還付請求が可能です。
登記申請が却下された場合は、納付方法にかかわらず、再使用証明を受けることはできません。税務署への還付手続きが必要となります。
【実体験】いつ現金で還付されるのか？
管轄の税務署や、税務署の繁忙期（確定申告の時期）により、還付までの期間は異なるようです。以下が例となります。
（不動産登記）
①令和５年の１０月中旬に還付手続きをして、還付がされたのは、令和６年３月中旬
②令和５年の１０月中旬に還付手続きをして、還付がされたのは、令和６年６月中旬
※同じ日に申請した場合でも事案により還付の日付は異なることがあります。
（商業登記）約２か月後には還付をされました。６月上旬に還付手続きをして７月末頃には還付がありました。
【還付請求の記載方法】資格者代理人からの還付請求
以下に、還付通知請求書・申立書の記載を示します。
※１ 受領代理人の氏名にはフリカナを記載。
※２ 登記原因、目的、申請年月日、受付番号を記載。法務局により対応が異なり、指摘をうけなかったケースもあれば、法務局によっては、修正を求められました。
※３ 資格者代理人の記名、押印（職印）をする。
（記事のまとめ）
登録免許税の還付は、納付方法と登記申請の状況によって異なります。収入印紙で納付した場合は再使用証明が可能ですが、電子納付では税務署経由での還付が必要です。登記申請の却下時は、どの納付方法でも税務署を通じた還付手続きが求められます。適切な手続きを理解し、効率的に対応することが重要です。
（文章作成者：司法書士 福島良太）